Le fonctionnement d'ODONAT est celui d'une fédération. Seules sont membres des personnes morales (associations) dont l'objet est identique à celui d'ODONAT. Des représentants de ces associations composent le conseil d'administration par élection en Assemblée Générale.

En pratique, adhérer à ODONAT, c'est souscrire à ses objectifs statutaires et ses principes éthiques. Il n'y a pas transmission obligatoire des données d'une structure à l'autre, ni de centralisation. Il y a simplement acceptation de fait de valoriser les données naturalistes. ODONAT Alsace n'est pas une banque de données naturalistes.

En effet, l'association ODONAT-Alsace ne centralise pas les données, c'est une banque de données virtuelle. De plus, les contributions des associations membres sont toujours libres et volontaires. Une association reste toujours libre de participer ou non à un projet ou à toutes demandes de données.