L'éthique et la déontologie : la propriété des données est un sujet sensible. Les réponses apportées par ODONAT sont simples : respect de la propriété intellectuelle, citation de la source, juste rétribution des producteurs de données... Elles tendent vers une animation démocratique à but non lucratif fondamentalement orienté vers un objectif de protection. Ces principes éthiques et déontologiques sont rassemblés au sein du Livre Blanc sur les " Principes d'échange des données naturalistes du monde associatif " - Premières propositions.

L'efficience : il est important de pouvoir produire des documents scientifiques de qualité. Pour cela, des outils et moyens informatiques importants sont nécessaires (Logiciel de cartographie, de SIG, bases de données, imprimantes...). L'acquisition et la mise à disposition de tels outils est un des rôles d'ODONAT.

L'efficacité : ODONAT a une capacité importante et rapide de réaction face aux demandes. Il doit cela à son intégration dans le réseau naturaliste régional, sans aucune volonté centralisatrice ou de substitution aux associations. Le renforcement de cette efficacité passera par l'harmonisation (en cours) des supports de collecte et de saisie des données.

L'indépendance : la gestion des données naturalistes constitue aujourd'hui un enjeu essentiel dans plusieurs domaines : gestion du patrimoine naturel, diffusion pertinente de cette connaissance, évaluation objective des politiques de protection. Ces enjeux supposent de pouvoir agir dans un contexte de stricte indépendance par rapport à tout organisme susceptible d'être à la fois juge et partie.